Elles se composent des documents produits par l’administration de la Ville, depuis que celle-ci existe en tant que communauté indépendante de son seigneur l’archevêque de Lyon, à l’extrême fin du XIIIe siècle. Le plus ancien document administratif original conservé date de 1294 ; il s’agit de l’élection des représentants de la municipalité.
Les Archives de Lyon conservent un document original plus ancien mais il n’est pas produit par l’administration municipale ; il s'agit d'une bulle du pape Innocent III concernant la construction du pont sur le Rhône, daté de 1210 (DD 306 pièce 2).
Les archives de cette période ont été classées à la fin du XIXè siècle et au début du XXè siècle suivant les séries thématiques du cadre de classement de 1926 :
AA 1-174
actes constitutifs de la commune, correspondance officielle : 1245 - 1790
BB 1-456
administration communale : 1294 - 1790
CC 1-4400
impôts, comptabilité : 1278 - 1792
DD 1-380
biens communaux, travaux publics, voirie : 1183 (copie)-1791
agriculture, industrie, commerce (dont fonds de la Grande Fabrique de soie) : 1313 - 1791
A signaler :
- de nombreuses pièces ont été sorties à une date indéterminée des dossiers pour être classées soit en bibliothèque (imprimés), soit dans un fonds d'archives spécifique (41 II)
- certaines séries sont consultables sur microfilms (AA, BB, CC, DD).
Pour commencer une recherche, les inventaires en ligne permettent une approche globale des fonds. Ils sont aussi accessibles sous forme papier en salle de lecture. Par ailleurs, la base de données documentaire permet d'accéder aux notices descriptives des documents grâce à une recherche par mot et par index.